Contenu de l'enseignement

Cet enseignement présente un certain nombre de concepts de Technologies Web :

  • le langage de structuration de pages Hyper Text Markup Language HTML5
  • le langage de description de style Cascading Style Sheet CSS3
  • le langage à balisage markdown et son façonneur pandoc
  • une introduction au langage côté client JavaScript

Compétences acquises

À l'issue de cet enseignement, l'étudiant pourra :

  • comprendre les mécanismes à mettre en œuvre pour la conception d'un site www simple
  • modifier et étendre un site www existant

Objectifs :

L'étudiant devra apprendre à maitriser la statistique bivariée tout d'abord en comprenant la notion de corrélation puis en s'appropriant les différentes étapes de la modélisation statistique, du choix du modèle à son utilisation en passant par la validation et la qualité de ce modèle.

Contenu :

_ Corrélation entre deux variables (Pearson, Spearman): notion et tests de corrélation.

_ Régression linéaire simple : les différentes étapes de la modélisation sur des exemples.

_ ANOVA : tests de comparaisons de plusieurs moyennes

_ Régression non-linéaire simple et problème de choix de modèles.

La totalité de l'enseignement se fera en salle machine en utilisant le logiciel R. L'enseignement se fera par des études de cas : présentation du problème biologique, du protocole expérimental et des données obtenues puis un traitement statistique.

Programme: ce cours présente les approches et technologies de séquençage et d'hybridation à très haut-débit qui permettent d'explorer les génomes, métagénomes, transcriptomes et régulomes. Quelque soit le domaine du vivant (microorganisme, végétal, animal, humain) ces technologies révolutionnent les connaissances fondamentales en biologie moléculaire (contenu des génomes, régulation de l'expression des génomes) et trouvent des applications en agrosciences (agro-génomique), environnement (éco-génomique) ou en médecine génomique (génomique des cancers, des maladies complexes, médecine personnalisée). Ce cours intègre la présentation des démarches et outils bioinformatiques et biostatistiques nécessaires au traitement des masses de données issues de ces grands projets d'exploration moléculaire des mécanismes du vivant.

Modalités : l'enseignement s'organise en CM, en TD (exercices, lectures d'articles) et en TP en salle informatique (découverte des ressources internationales sur le web). Ce cours présente sa documentation essentiellement en langue anglaise. Il a lieu en présentiel (35h : 23h CM, 8h TD, 4h TP). L'UE est évaluée en contrôle continu intégral, par des travaux dirigés (20%) et par deux examens écrits (80%). L'UE est obligatoire pour les deux parcours de la mention bionformatique (M1 BIMS, M2CCB4), pour le M1 Microbiologie et est optionnelle pour le M1 EcobioValo.

Pré-requis : programme de génétique moléculaire eucaryote et procaryote et génie génétique de niveau licence SV d'un parcours moléculaire. Cet UE ne comprend pas de programmation informatique, il n'y a aucun pré-requis dans cette discipline. Sur le plan des statistiques, ce cours fait appel aux connaissances en statistiques des tests.

A l'issue de ce cours les étudiants sont capables 1/ de se repérer dans le paysage général des approches haut débit et des applications en génomique, de comprendre leur évolution, potentiel et limitation 2/ de lire et comprendre dans des articles de diverses applications les objectifs, matériels et méthodes expérimentales et bioinformatiques/biostatistiques ainsi que les différentes figures de résultats des étapes (contrôle qualité, chaine de traitement, annotation, visualisation); 3/ d'identifier et d'utiliser les banques de données internationales du domaine et un genome browser. 4/ Les étudiants de la mention bioinformatique disposeront de l'ensemble des connaissances pré-requises pour aborder en pratique le traitement bioinformatique de données NGS (UE analyse de données de séquençage et annotations).  

Cet enseignement se structure en deux thèmes abordés sous forme de cours, TD et TP en salle informatique :

  • Phylogénie moléculaire : Origine de la phylogénie et concepts de bases en phylogénie moléculaire ; Caractéristiques des arbres (topologie, enracinement) ; Premières phylogénies moléculaires (horloge moléculaire, choix de l'ARNr, arbre du vivant). Règles de reconstruction des arbres : choix des séquences, alignement multiple de séquences et méthodes de reconstruction d'arbres phylogénétiques ; Estimation de la robustesse d'un arbre ; Applications et limites de la phylogénie.
  • Évolution des génomes : mécanismes moléculaires impliqués dans l'évolution de la structure et du contenu des génomes (duplications de génomes et de segments, duplication de gènes et fonction au sein des familles de protéines, implication des éléments mobiles, origine des introns); méthodes d’études (cartographie comparée, analyse de synténie, analyse comparative de séquences de génomes complets, outils et bases de données internationales de référence pour l'orthologie).

L'UE est évaluée en contrôle continu intégral par deux devoirs écrits à la maison (20%) et par deux devoirs sur table (80%). L'UE est obligatoire pour les parcours M1 BIMS  et M1 MIC et est optionnelle pour le parcours M2CCB4. Pour le parcours BIMS ce cours est un pré-requis et sera réinvesti et approfondi sur les aspects algorithmiques et statistiques en M2 dans l'UE bioinformatique en génomique comparative.

Métiers de la Bioinformatique du semestre impair (10h TD + travail personnel; 1 CE)  présente les domaines et les carrières en bioinformatique, accompagne la recherche du stage de semestre pair des M1BIMS/M2CCB4 et prépare dans le même temps à l'alternance et à la recherche son contrat d'apprentissage pour le M2 BIMS.