Résultats de la recherche

Prérequis :
• Algorithmique des structures de données arborescentes
• Algorithmique des graphes
• Théorie des langages
Résumé :
L'unité d'enseignement abordera les problèmes classiques d'algorithmique du texte qui suivent :
1. Recherche incrémentale exacte d’un mot dans un texte (automate fini, algorithmes de Knuth-Morris-Pratt, Boyer-Moore et leurs variantes) ;
2. Recherche incrémentale d’un ensemble fini de mots dans un texte (Algorithme de Aho-Corasick) ;
3. Recherche incrémentale approchée de motifs courts (algorithme Shift-Or) ;
4. Compression de texte par la méthode de Lempel-Ziv-Welsh.
Les principales notions seront implantées en langage C en TP.
Objectif(s) :
L’enseignement vise à familiariser les étudiants avec la manipulation des séquences (suite de symboles), en particulier en ce qui concerne la recherche incrémentale de motifs et la compression de texte.
Compétences et apprentissages visés :

• Comprendre les notions fondamentales de bords et de périodes.
• Savoir les utiliser pour élaborer des algorithmes de recherches de motifs performants.
• Savoir implanter les structures de données élémentaires en combinatoires des mots (tables et automates).

Enseignant: Christophe Hancart
Enseignant: Thierry Lecroq
Enseignant: Arnaud Lefebvre

Catégorie: M1 Informatique

[M1 IQBio Evreux S1 UE7] Matériaux métalliques

Enseignant: Sandrine Morin

Catégorie: M1 Ingénierie Qualité des Bioproduits (IQB Evreux)

[M1 IS et BIMS] Biologie Structurale

Programme résumé

- Repliement des macromolécules biologiques : aspects cinétiques et thermodynamiques

- Détermination de la structure tridimensionnelle des macromolécules biologiques : principes des principales méthodes expérimentales (dichroïsme circulaire, Infrarouge et Raman, RMN, cristallographie et diffraction des rayons X) et modélisation moléculaire

- RMN : Principales expériences pour l’analyse structurale des protéines en solution, Caractérisation des interactions biologiques par RMN

- Apprentissage de différents outils informatiques pour l’analyse structurale et la modélisation de macromolécules biologiques

- Apprentissage de l’attribution d’un spectre RMN, stratégies d’interprétation

Approche pédagogique

- L'étudiant devra connaitre les niveaux de structuration d’une protéine et apprendre à en reconnaitre les différents motifs. Il devra comprendre les processus cinétiques et thermodynamiques du repliement des protéines, et leur application pour la détermination de structure. L’étudiant se familiarisera avec les principales banques de données de structure (PDB, KEGG), et apprendra à en utiliser les données (logiciels de modélisation moléculaires). Il maitrisera les principes des principales méthodes de détermination de structure, dont notamment la RMN

- Les cours magistraux sont accès sur l’apprentissage des connaissances nouvelles, et leur maitrise. Les travaux dirigés sont accès sur les stratégies d’interprétation des spectres RMN, et sur l’analyse de résultats d’études structurales. Trois devoirs maison (DM) et 2 travaux pratiques (TP) complètent l’apprentissage aussi bien théorique que pratique, au travers l’utilisation des outils web de biologie structurale et l’initiation à un logiciel de modélisation moléculaire professionnel

Compétences visées

- savoir : Repliement des macromolécules, méthodes d’études, RMN liquide

- savoir-faire : Analyser et décrire une structure complexe, Analyser des spectres RMN ¹H, 1D et 2D de peptides en solution, Attribuer les déplacements chimiques ¹H de peptides.

Enseignant: Romain Coppee
Enseignant: Laure Guilhaudis
Enseignant: Laurence Menu-Bouaouiche
Enseignant: Isabelle Milazzo

Catégorie: M1 Analyses et Qualité en Bio-Industries (AQBIO)

[M1 IS IBIOM S1] - Mathématiques appliquées

1. Fonctions élémentaires : polynomiales, rationnelles, logarithme, trigonométrique, exponentielle complexe. Calcul de dérivées et d’intégrales. Résolution d’équations différentielles linéaires.
2. Algèbre linéaire de base, matrices. Méthodes de résolution de systèmes linéaires, méthode du pivot de Gauss, décomposition LU
3. Série de Fourier, transformation de Fourier, transformée de Radon

Enseignant: Léo Glangetas
Enseignant: Van-Sang Ngo

Catégorie: M1 Ingénierie de la Santé, Ingénierie pour le Bio-médical (IBIOM)

[M1 IS-AQBio] - Analyses et Cultures Cellulaires [AQBio et IMAC]

Enseignant: Magalie Benard
Enseignant: Delphine Burel
Enseignant: Oana Chever
Enseignant: Christophe Dubessy
Enseignant: Thomas Ferrand
Enseignant: Marie-Laure Follet
Enseignant: Lydie Jeandel
Enseignant: Laurence Menu-Bouaouiche
Enseignant: Sylvie Renouf

Catégorie: M1 Analyses et Qualité en Bio-Industries (AQBIO)

[M1 IS-AQBio] - Connaissance de l'entreprise et insertion professionnelle

Enseignant: Maxime Bue
Enseignant: Laurence Menu-Bouaouiche

Catégorie: M1 Analyses et Qualité en Bio-Industries (AQBIO)

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