Objectifs de l’UE :

_ Echantillonnage d'une population et estimation de paramètres à l'aide de la construction d'intervalles de confiance.

_ Appréhension générale de la démarche d'un test statistique : hypothèses nulle/ hypothèse alternative, statistique de test et loi sous l'hypothèse nulle, construction de la région critique et décision. Compréhension de la notion de probabilité critique (p-value).

_ Aperçu détaillé des différents tests du Chi-deux (conformité, homogénéité, indépendance), des tests de conformité pour une moyenne et des différents tests de comparaison de moyennes (échantillons gaussiens ou non, échantillons grands ou petits, variances connues ou inconnues).

_ Appréhension du logiciel de statistiques R comme simple outil pour effectuer les différents tests étudiés.

Description des enseignements :

• Description des CM :

cours 1 : Echantillonnage et intervalles de confiance

cours 2 : Tests du Chi-deux de conformité, d'homogénéité et d'indépendance

cours 3 :Tests de conformité pour une moyenne

cours 4 :Tests de comparaison de moyennes

• Description des TP :

Les travaux dirigés sont constitués d'exercices en rapport direct avec le cours et très souvent avec des exemples biologiques. Ils sont effectués sur machines à l'aide d'un logiciel statistique. Les corrections sont d'abord construites sur le plan théorique puis les résultats sont calculés à l'aide du logiciel.

Connaissance de la cellule des  bactéries et des archées (relation structure fonction), mécanismes d’adaptation à leur environnement et régulation (exemple du chimiotactisme et de la sporulation), énergétique microbienne (exemple d’application en microbiologie alimentaire, microbiologie de l’environnement). 

 Des exercices, tirés d’exemples issus d’articles scientifiques et/ou illustrant le cours seront fait en TD. 

Les travaux pratiques seront mis à profit pour imager le cours  : détection moléculaire des microorganismes ou des gènes impliques dans les voies métaboliques 

Ce cours est une introduction aux méthodes et enjeux des sciences du génome dans tous les domaines du vivant. Il initie au couplage entre les technologies de séquençage à très haut débit (NGS) et les analyses bioinformatiques et biostatistiques. Il introduit leurs applications pour l'exploration des génomes, exomes, métagénomes, transcriptomes et régulomes. Il se compose de 5h de CM et 4h de TD sous la forme d'exercices d'applications à partir d'extraits d'articles scientifiques notamment. Les thèmes du séquençage de génome complet, de la variabilité génétique et du séquençage de transcriptome sont privilégiés, faisant écho à l'UE entière "Génétique et expression des Génomes Eucaryotes" dans laquelle s'inscrit cet enseignement.