Bonjour à tous,

Bienvenue dans votre espace de cours pour le semestre 2.

Cours d'anglais de spécialité : anglais pour la biologie (compétences orales et écrites)

Formation régionale destinée aux tuteurs et tutrices et ayant pour objectifs pédagogiques :

• Connaitre les définitions du handicap et les droits des personnes en situation de handicap
• Se mettre à la place de l'autre : adopter une posture adaptée en tant que tuteur.trice
• Comprendre les enjeux de l'éducation inclusive
• Être une personne relais

Molécule d'adrénaline

Caractéristiques des ondes électromagnétiques
Absorption, émission.
Modèle de Bohr
Formule de Rydberg. Séries d'émission
Particule dans une boîte

Prérequis : Module Atomes et molécules : Connaissance du tableau périodique des éléments et notion de configuration électronique des atomes

Objectifs : Les objectifs de ce cours sont de savoir dessiner et nommer des molécules organiques. Les fonctions organiques seront étudiées, hybridation du carbone (Csp3, Csp2 et Csp), doublets non liants, géométrie. Le carbone asymétrique sera introduit et la stéréochimie de molécules sera étudié comme l’énantiomérie (règle de Cahn-Ingold-Prelog, configuration R, S), la diastéréoisomérie (Z, E) et les représentations de Cram, Newman, Fisher. Le cyclohexane fonctionnalisé (forme chaise et bateau) sera étudié. Enfin, les effets inductifs seront présentés sur des exemples simples.

Travaux pratiques : Construction et études de molécules à l’aide de modèles moléculaires

Compétences visées : Savoir dessiner et nommer une molécule organique comportant plusieurs fonctions et des carbones asymétriques. Savoir identifier les effets inductifs présents dans une molécule et en conclure leur effet sur la stabilité.

La matière Algorithmique 1. Méthodologie de la programmation impérative propose :

• des compléments aux bases du langage C introduites par la matière Informatique : Bases de la programmation impérative, dont la construction structure, la gestion standard des flots, l'arithmétique des pointeurs, le type pointeur générique et la compilation séparée ;
• l'introduction et l'utilisation systématique de la logique de Hoare, laquelle est une démarche qui permet, simultanément, de construire un programme solution d'un problème posé et d'apporter la preuve que ce programme est bien solution du problème ;
• une introduction à l'analyse des algorithmes, cadre général qui permet d'évaluer l'efficacité des solutions et de les comparer ;
• un exposé de quelques-uns des problèmes à la fois classiques et fondamentaux en informatique avec certaines de leurs solutions en programmation impérative accompagnées de preuves et d'analyses.

Pré-requis : matière Bases de la programmation impérative.

Séances en amphi : 18 h, de TD : 24 h, de TP : 18 h.

Ce second cours universitaire sur l'analyse mathématique consiste à aborder dans un cadre formel et rigoureux les notions fondamentales concernant les fonctions que sont la continuité et la dérivation. Des techniques de calculs fondamentales pour la recherche de primitives et l'obtention de développements limités seront développées.

Cours et TP de biologie animale

licence BGE SVT 2° année

Ce cours se compose de deux grandes parties : la première concerne les méthodes de séparation (chromatographie, extraction liquide-liquide...) et la seconde les méthodes d'analyse telles que les méthodes spectroscopiques (IR, UV-visible...).

Continuation de la matière Algorithmique 1. Méthodologie de la programmation impérative dispensée au deuxième semestre du portail de première année des licences Informatique et EEEA, la matière Algorithmique 2. Structures de données linéaires propose :

• une introduction à la programmation récursive ;
• une introduction à la représentation d'ensembles dynamiques via l'allocation dynamique, les pointeurs et les chainages ;
• des compléments de C : allocation dynamique ; sous-programmes à liste variable de paramètres ; directives ;
• des compléments à analyse des algorithmes : manipulation des notations asymptotiques ; méthodes générales de résolution de récurrences ; analyse amortie ;
• une introduction aux types de données abstraits et aux spécifications algébriques, avec une étude de quelques-unes des structures classiquement utilisées en informatique : ensemble, multi-ensemble ; les structures linéaires : pile, file, liste.

Séances en amphi : 18 h, de TD : 24 h, de TP : 18 h.

Pré-requis : matière Algorithmique 1.

Continuation de la matière Algorithmique 2. Structures de données linéaires dispensée au premier semestre de la deuxième année de la licence Informatique, la matière Algorithmique 3. Structures de données arborescentes propose la poursuite de l'étude de quelque-unes des structures classiquement utilisées en informatique : tables, arbres binaires et, dans une moindre mesure, forêts et arbres non binaires, avec certaines de leurs déclinaisons les plus fameuses.

Séances en amphi : 18 h, de TD : 24 h, de TP : 18 h.

Pré-requis : matière Algorithmique 2.

L’UE de personnalisation "Analyse de Données Biologiques en Biologie Santé" explore deux types de données. Pour les images cellulaires l’objectif est de comprendre les différentes techniques de marquage et d’imagerie cellulaires ainsi que les principales solutions d’analyse d’images (voir l'autre espace UniversiTICE dédié). Pour les séquences biologiques, l’objectif est d’être initié à l’utilisation d’outils logiciels (web) et banques de données internationales pour l’analyse bioinformatique classique et courante de séquences biologiques (nucléiques et protéines) au laboratoire. Ce cours, conçu pour tout biologiste,  s'appuie sur les notions vues en L2 SV "biologie par la bioinformatique" et propose un approfondissement de l'analyse bioinformatique de séquences biologiques vers une utilisation plus maitrisée des outils. Explorant tous les étages de l'information de la cellule, il fait appel aux acquis de biologie moléculaire du gène, de biochimie des protéines et de biologie cellulaire. L'ensemble des méthodes s'applique à tous les domaines du vivant : biologie-santé, agrosciences, microbiologie. Ce cours ne comprend ni programmation informatique, ni programmation statistique. Cependant, afin de comprendre (un peu) comment les programmes bioinformatiques fonctionnent pour en faire une utilisation avertie, nous expliquerons à chaque type de prédiction, le principe des algorithmes et modèles mathématiques/statistiques sous-jacents. Cet enseignement est bâti sur une alternance de CM et TP en salle informatique pour chaque thème exploré. L'évaluation repose sur des contrôles continus.

--> Les compétences acquises sont directement transférables au laboratoire et constituent un réel premier niveau de connaissances et compétences dans ce domaine de l’analyse bioinformatique. 

CM 14h  : Banques de données biologiques internationales de référence : panorama et organisation des principaux portails web et banques de données internationales qui répertorient les séquences nucléiques et protéiques ainsi que leurs structures et fonctions. Analyse de séquences d’ADN, d’ARN et de protéines : méthodes et outils bioinformatiques courants pour prédire (i) la localisation d’un gène dans une séquence d’ADN et sa structure, (ii) la séquence protéique traduite, (iii) ses caractéristiques biochimiques et ses fonctions dans la cellule, et plus généralement sa place dans un processus biologique et métabolique. Comparaison de séquences : méthodes et outils bioinformatiques courants pour la comparaison entre deux séquences ou plus et pour la recherche de séquences homologues dans les banques de données. Application à la mise en évidence de variations génétiques en santé ou au cours de l’évolution. Méthodes et outils pour la construction d’arbres phylogénétiques. 
TP  20h : Exclusivement en salle informatique, entièrement reproductible chez soi sur un navigateur web, aucun usage de programmation informatique. Ils reprennent tous les thèmes du cours (des banques, de l’analyse d’une séquence du gène au métabolisme et de la comparaison de séquences) et permettent de mettre en pratique l’ensemble des outils et ressources web présenté.

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A noter : au semestre suivant, L3 S6, ceux qui sont intéressés par une poursuite d'option méthodologique dans le domaine en vue notamment de poursuivre en master bioinformatique parcours BIMS ou en Master Imagerie cellulaire, pourront choisir l'UE  "Traitement  et Analyse de données en biologie et santé : images et séquences". Celle - ci est orientée programmation.  Son objectif : maîtriser l’automatisation du traitement informatique de données sous linux. Apprendre à écrire des chaines de traitements statistiques pour l’exploration et l’analyse de données.  Programme :  Découvrir l’environnement LINUX,  Apprendre le langage scripts et la programmation bash, Découvrir un système de gestion de bases de données : MySQL,      Analyser des données avec le logiciel R,  Développer une macro pour analyser un ensemble d’images avec ImageJ.
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Objectifs de l’UE :

_ Echantillonnage d'une population et estimation de paramètres à l'aide de la construction d'intervalles de confiance.

_ Appréhension générale de la démarche d'un test statistique : hypothèses nulle/ hypothèse alternative, statistique de test et loi sous l'hypothèse nulle, construction de la région critique et décision. Compréhension de la notion de probabilité critique (p-value).

_ Aperçu détaillé des différents tests du Chi-deux (conformité, homogénéité, indépendance), des tests de conformité pour une moyenne et des différents tests de comparaison de moyennes (échantillons gaussiens ou non, échantillons grands ou petits, variances connues ou inconnues).

_ Appréhension du logiciel de statistiques R comme simple outil pour effectuer les différents tests étudiés.

Description des enseignements :

• Description des CM :

cours 1 : Echantillonnage et intervalles de confiance

cours 2 : Tests du Chi-deux de conformité, d'homogénéité et d'indépendance

cours 3 :Tests de conformité pour une moyenne

cours 4 :Tests de comparaison de moyennes

• Description des TP :

Les travaux dirigés sont constitués d'exercices en rapport direct avec le cours et très souvent avec des exemples biologiques. Ils sont effectués sur machines à l'aide d'un logiciel statistique. Les corrections sont d'abord construites sur le plan théorique puis les résultats sont calculés à l'aide du logiciel.

• les données brutes pour lesquelles nous comprendrons comment travailler facilement avec un fichier de plusieurs millions de lignes ou comment travailler avec un grand nombre de petits fichiers
• les données structurées, organisées en bases de données, pour lesquelles nous devrons comprendre ce qu'est une requête et comment récupérer des données dans les bases de données.

Responsable de l'UE : Mme A. Husté